Zdravnik sekundarij mora med opravljanjem sekundarijata delati polni delovni čas. Pod nadzorom mentorja ali pooblaščenega zdravnika se mora zdravnik sekundarij vključevati v turnusno delo in dežurno službo.
Porodniški dopust, služenje vojaškega roka in daljše odsotnosti (npr. odsotnost zaradi bolezni, ki je daljša od 30 zaporednih koledarskih dni), razen letnega dopusta, se ne vštevajo v sekundarijat. V primerih take odsotnosti se sekundarijat ustrezno podaljša. O dolžini podaljšanja in izvedbi programa sekundarijata odloča zbornica.