Zdravnik sekundarij sklene s pooblaščenim izvajalcem delovno razmerje za čas opravljanja sekundarijata.
Sekundarijat se lahko opravlja tudi na lastne stroške. Pred pričetkom opravljanja programa sekundarijata na lastne stroške, po pridobitvi soglasja Ministrstva za zdravstvo, zdravnik sekundarij sklene z zbornico posebno pogodbo, s katero se urejajo medsebojne obveznosti v zvezi z razporejanjem in vodenjem programa sekundarijata.