Uradni nadzor nad izvajanjem uredbe izvajata Inšpektorat Republike Slovenije za kmetijstvo, gozdarstvo in hrano in Carinska uprava Republike Slovenije, vsak v skladu s svojimi pristojnostmi, razen v delu, ki se nanaša na živila živalskega izvora, kjer izvaja uradni nadzor Veterinarska uprava Republike Slovenije.
Uradni nadzor nad izvajanjem te uredbe v delu, v katerem se nanaša na prehranska dopolnila in živila za posebne prehranske ali zdravstvene namene, izvaja Zdravstveni inšpektorat Republike Slovenije.
Če rezultati uradnega nadzora niso v skladu z zahtevami iz Uredbe 737/90/ES, lahko minister, pristojen za zdravje, oziroma minister, pristojen za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, vsak v skladu s svojimi pristojnostmi ter v skladu s 4. členom navedene uredbe sprejme potrebne ukrepe, vključno s prepovedjo dajanja proizvoda v promet.