(1)
Prijavitelj ima v 8 dneh od prejema sklepa, pravico vložiti pritožbo. Prijavitelj mora v pritožbi natančno opredeliti razloge, zaradi katerih vlaga pritožbo. Predmet pritožbe ne morejo biti pogoji in merila za ocenjevanje.
(2)
Financerja imenujeta komisijo, ki pripravi predlog sklepa o rešitvi pritožb. Direktor agencije pošlje predlog sklepa upravnemu odboru agencije in Ministrstvu za visoko šolstvo, znanost in tehnologijo v sprejem.
(3)
Financerja odločita o pritožbah v roku 30 dni od dneva prejema pritožbe. V obrazložitvi sklepa se navedejo razlogi za sprejeto odločitev. Odločitev je dokončna.
(4)
Vložena pritožba ne zadrži podpisa pogodb z izbranimi prijavitelji.
(5)
Po sprejetem sklepu o rešitvi pritožb agencija objavi sprejeto listo mladih raziskovalcev na spletni strani agencije.