Vojaški pomorski zastavi Republike Slovenije sta zastava ladij in čolnov Slovenske vojske in zastava na premcu.
Zastava ladij in čolnov Slovenske vojske je zastava Republike Slovenije.
Zastava na premcu je pravokotne oblike ter belo, modro in zlatorumene barve, ki so barve grba Republike Slovenije. Razmerje med širino in dolžino zastave je ena proti dva. Barve si sledijo po naslednjem vrstnem redu: bela (N-1N 95), modra (N-46N 72 25 09) in zlatorumena (N-6N 19 75 12), vse po SCOTDIC CODE 777 – International color codification sistem (2034). Vsaka barva zavzema po širini eno tretjino prostora zastave. Velikost zastave se prilagaja velikosti ladje ali čolna.
Tuje vojaške ladje ob obiskih Republike Slovenije pozdravijo zastavo Republike Slovenije.