UKC upravlja svet UKC, ki ima enajst članov. Svet UKC sestavljajo predstavniki:
Predstavnike ustanovitelja imenuje Vlada Republike Slovenije.
Predstavnike delavcev volijo zaposleni v UKC. Za člana sveta UKC ne more biti izvoljen delavec, ki je skladno s statutom imenovan za mandatno obdobje.
Predstavnika Mestne občine Ljubljana imenuje mestni svet Mestne občine Ljubljana.
Predstavnika zavarovancev imenuje Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije.
Predsednika sveta UKC se izvoli med predstavniki ustanovitelja.