Za izvajanje interdisciplinarnih nalog, ki zahtevajo sodelovanje strokovnjakov različnih medicinskih in drugih strok, se na ravni UKC lahko ustanovijo centri odličnosti. Ustanovitev, naloge in podrobnejša organizacija centrov odličnosti se določi s statutom ter drugimi notranjimi akti in pravili UKC.
Podrobnejša notranja organizacija UKC in delovanje drugih notranjih organizacijskih enot se določi s statutom ter drugimi notranjimi akti in pravili.
Vodenje dejavnosti skupnega pomena, strateškega upravljanja in poslovno administrativnih storitev določa statut.