O ugovorih zoper posamične akte in zahtevah za varstvo pravic delavcev zavoda odloča komisija za varstvo pravic. Pristojnosti komisije so opredeljene v kolektivni pogodbi oziroma splošnih aktih zavoda.
Komisija iz prejšnjega odstavka ima pet članov. Imenuje jih generalni direktor na predlog sindikata delavcev zavoda. Člani komisije med seboj izberejo predsednika in namestnika predsednika. Mandat članov komisije traja štiri leta.