Skupščina opravlja naslednje naloge:
1.
določa politiko in strategijo razvoja obveznega zdravstvenega zavarovanja in OZDO;
2.
v skladu z zakonom sprejema statut zavoda in izhodišča za organizacijo zavoda;
3.
sprejema splošne akte za uresničevanje pravic iz obveznega zdravstvenega zavarovanja;
4.
določa finančni načrt zavoda s programom dela ter izhodišča in usmeritve za izvajanje in financiranje programa zdravstvenega zavarovanja in sprejme letno poročilo;
5.
odloča o razporeditvi presežka prihodkov nad odhodki;
6.
potrjuje program ukrepov za sanacijo primanjkljaja prihodkov nad odhodki;
7.
oblikuje predlog stopnje prispevkov za obvezno zdravstveno zavarovanje, ki jih predlaga Vladi Republike Slovenije;
8.
v skladu z zakonom določa obseg pravic do zdravstvenih storitev, standarde in normative iz obveznega zdravstvenega zavarovanja;
9.
skladno z določili zakona določa odstotke vrednosti storitev, ki se zagotavljajo z obveznim zdravstvenim zavarovanjem za posamezno obdobje;
10.
določi najvišji letni znesek doplačil, nad katerim lahko zavarovane osebe v celoti uveljavljajo pravice iz obveznega zdravstvenega zavarovanja;
9.
sprejema merila za zvišanje prispevne stopnje za poškodbe pri delu in poklicne bolezni;
10.
voli predsednika in namestnika predsednika skupščine ter imenuje in razrešuje člane, predsednika in namestnika predsednika upravnega odbora;
11.
imenuje in razrešuje generalnega direktorja s soglasjem Državnega zbora Republike Slovenije;
12.
spremlja problematiko zdravstvenega varstva in OZDO ter v zvezi s tem daje pobude in predloge za dopolnitev predpisov ter spremlja uresničevanje pravic in obveznosti zavarovanih oseb v obveznem zdravstvenem zavarovanju;
13.
lahko daje mnenje k predlogu državne zdravstvene politike in se opredeljuje do ukrepov za ohranjanje zdravja prebivalcev in mnenje k predlogu nacionalnega programa DO;
14.
odloča o ustanovitvi in ukinitvi območnih svetov in spremembi njihovih območij in obravnava mnenja in stališča območnih svetov;
17.
imenuje predstavnike zavoda v skupščino Vzajemne zdravstvene zavarovalnice d.v.z.;
15.
obravnava druge zadeve in sprejema odločitve, za katere je pooblaščena z zakonom.