Za finančno poslovanje organa skupne občinske uprave se uporabljajo določbe zakona, ki ureja javne finance o neposrednih uporabnikih občinskih proračunov. Organ skupne občinske uprave je neposredni uporabnik občinskega proračuna tiste občine, v kateri ima sedež.
Organ skupne občinske uprave vodi uradnik na položaju.
Z odlokom o ustanovitvi organa skupne občinske uprave se določijo ime in sedež organa, razmerja do občin soustanoviteljic in druge zadeve, pomembne za delovanje organa skupne občinske uprave.