Nadzor bo opravljala neodvisna strokovna institucija, ki bo izbrana na javnem razpisu z možnostjo mednarodne udeležbe. Razpis in izbor izvajalca nadzora nad programom zapiranja bo opravilo ministrstvo, pristojno za energetiko.
Na razpis se lahko s skupno ponudbo prijavijo tudi neodvisne strokovne institucije, ki so posamično usposobljene le za izvajanje tehničnega oziroma finančnega nadzora.
Izbrani izvajalec bo sklenil z ministrstvom, pristojnim za energetiko, pogodbo za izvajanje nadzora za celotno programsko obdobje s tem, da se bodo v okviru tega pogodbenega roka sklepali vsakoletni aneksi s podrobnejšimi opisi potrebnih del in nalog ter podrobnejšo določitvijo dinamike letnih stroškov za opravljanje nadzora. Vsota letnih zneskov za opravljanje nadzora določenih v aneksih ne sme preseči cene za izvajanje storitev nadzora, ki je določena v osnovni pogodbi.
Finančna sredstva za plačilo storitev nadzora so zagotovljena v okviru proračunskih sredstev, ki jih določa zakon za izvedbo programa zapiranja v posameznem programskem obdobju zapiranja. Za ta znesek se zmanjšajo s programom določena sredstva Javnemu podjetju RTH, d.o.o. (v nadaljnjem besedilu: javno podjetje) za izvedbo programa.