Direktor javnega zavoda organizira in vodi njegovo delo ter poslovanje, ga zastopa in predstavlja in je odgovoren za zakonitost njegovega dela.
Direktor javnega zavoda lahko samostojno sklepa posle v okviru finančnega načrta, za posle, ki niso določeni s finančnim načrtom, pa lahko brez soglasja ustanovitelja sklepa posle do zneska, ki je določen v finančnem načrtu.
V odsotnosti direktorja javnega zavoda zastopa javni zavod oseba, ki jo pooblasti direktor javnega zavoda, in sicer v okviru pravic in dolžnosti, za katere jo pooblasti direktor.
Naloge in pristojnosti direktorja javnega zavoda se podrobneje določijo v statutu javnega zavoda.