Prostor in oprema, kjer se izvaja imunoprofilaksa morata ustrezati sanitarno tehničnim in higienskim zahtevam, ki veljajo za javne zdravstvene zavode in zasebne zdravnike.
Izvajanje imunoprofilakse se organizira tako, da ni možen prenos okužbe na ljudi in v okolje s tem, da se prepreči prenos med delom in pri ravnanju z infektivnimi odpadki.
Zdravstveni zavod oziroma zasebni zdravnik, ki opravlja imunoprofilakso proti nalezljivim boleznim, mora obvezno imeti kadre, prostore, opremo in postopke v skladu s posebnimi predpisi. Imeti mora hladilne naprave za hrambo in prevoz imunoprofilaktičnih preparatov za zagotovitev hladne verige, ustrezne merilne indikatorje temperature, potrebno opremo za transport in shranjevanje cepiva ter mora izpolnjevati predpisane sanitarno tehnične in druge pogoje ter pogoje dobre skladiščne prakse.
Oseba, ki v zdravstvenem zavodu oziroma pri zasebnem zdravniku skrbi za nabavo, transport in shranjevanje cepiva, mora biti usposobljena za rokovanje s preparati po načelih dobre skladiščne prakse. Usposabljanje izvaja IVZ, ki vodi o tem evidenco.