Določbe 2., 3., 4., 5., 6., 7., 8., 9., 11., 12., 13., 14. člena tega zakona, 51.f člena, šesta, sedma, deveta, deseta in štirinajsta alinea enajstega odstavka 51.h člena, 51.k, 51.o, 51.p, 51.r, 51.s, 51.š, 51.t, 51.u, 51.v, 51.z in 51.ž člena zakona, 16. in 17. člena tega zakona se začnejo uporabljati 1. maja 2010.
Vloge v akreditacijskih, evalvacijskih in habilitacijskih postopkih v skladu z Zakonom o visokem šolstvu (Uradni list RS, št. 119/06 – uradno prečiščeno besedilo, 59/07 – ZŠtip, 15/08 – odločba US in 64/08) se vlaga do 31. decembra 2009 pri Svetu Republike Slovenije za visoko šolstvo. Po prenehanju delovanja Sveta Republike Slovenije za visoko šolstvo o njih odloči svet agencije.
V postopkih iz prejšnjega odstavka se uporabljajo določbe 14., 16., 32., 32.a, 33.b, 39., 48., 49., 50., 50.a, 50.b, 50.c, 51., 56. in 80. člena Zakona o visokem šolstvu (Uradni list RS, št. 119/06 – uradno prečiščeno besedilo, 59/07 – ZŠtip, 15/08 – odločba US in 64/08) in na njihovi podlagi izdani predpisi ministra, pristojnega za visoko šolstvo, ter akti Sveta Republike Slovenije za visoko šolstvo, ki so bili izdani do uveljavitve tega zakona.
Vloge v postopkih v skladu s tem zakonom se vlagajo od 1. maja 2010 naprej.
Za visokošolske zavode in študijske programe, ki so na dan uveljavitve tega zakona javnoveljavni, se izpolnjevanje pogojev za izvajanje visokošolske dejavnosti in njihovo kakovost v postopkih akreditacije in zunanje evalvacije preverja skladno s tem zakonom.
Če je 1. maja 2010 za visokošolski zavod preteklo več kot sedem let od dokončnosti strokovnega mnenja Sveta Republike Slovenije za visoko šolstvo, mora visokošolski zavod vložiti vlogo za postopek podaljšanja akreditacije skladno s tem zakonom najkasneje do 1. novembra 2010.
Ne glede na roke izvedbe postopka iz 51.r člena zakona, agencija izvede postopke za podaljšanje akreditacije za visokošolske zavode iz prejšnjega odstavka, v skladu s svojim načrtom dela, vendar najkasneje do 31. decembra 2012.
Za študijske programe, akreditirane pred 11. junijem 2004 ni treba vložiti vloge za postopek podaljšanja akreditacije.
Če je 1. maja 2010 za visokošolski zavod preteklo manj kot sedem let od prejema strokovnega mnenja Sveta Republike Slovenije za visoko šolstvo, mora visokošolski zavod vložiti vlogo za postopek podaljšanja akreditacije visokošolskega zavoda oziroma študijskega programa skladno s tem zakonom. Enako velja za študijske programe, akreditirane po 11. juniju 2004.