Agencija vodi računovodstvo in računovodske evidence ter izdeluje letna poročila skladno z zakonom o računovodstvu (Uradni list RS, št. 23/99 in 30/02), zakonom o javnih financah in predpisi, izdanimi na njuni podlagi.
Vodenje računovodstva in računovodskih evidenc ter sestava letnega poročila mora omogočati preglednost prihodkov in odhodkov ločeno po namenu porabe in ločeno po virih sredstev.