Organi upravljanja Kobilarne Lipica so svet, direktor in strokovni svet.
Svet Kobilarne Lipica (v nadaljnjem besedilu: svet) je organ javnega zavoda, ki ima sedem članov, od tega pet predstavnikov ustanovitelja in po enega predstavnika delavcev Kobilarne Lipica in zainteresirane javnosti. Predstavniki ustanovitelja se predlagajo izmed zaposlenih v organih državne uprave ali strokovnjakov s področja dejavnosti Kobilarne Lipica, od tega dva predstavnika predlaga ministrstvo, pristojno za kmetijstvo in okolje, po enega predstavnika pa ministrstvo, pristojno za kulturno dediščino, ministrstvo, pristojno za finance, in ministrstvo, pristojno za turizem. Predstavnika zaposlenih predlagajo člani sveta delavcev Kobilarne Lipica. Predstavnika zainteresirane javnosti predlaga občinski svet občine Sežana. Člane sveta za obdobje štirih let imenuje vlada in izmed članov sveta, ki so predstavniki ustanovitelja, imenuje predsednika sveta.
Predsednik in člani sveta ne smejo biti osebe, za katere obstaja možnost nasprotja med njihovimi zasebnimi interesi in interesi Kobilarne Lipica. Šteje se, da možnost nasprotja interesov iz prejšnjega stavka obstaja, če predsednik oziroma član sveta opravlja katero koli dejavnost, za katero je registrirana Kobilarna Lipica.
Svet Kobilarne Lipica opravlja zlasti naslednje naloge:
Letni program dela in razvoja in finančni načrt, načrt upravljanja Kobilarne Lipica in letno poročilo Svet Kobilarne Lipica predloži vladi v soglasje.
Kobilarno Lipica vodi in zastopa direktor. Direktor mora imeti najmanj visokošolsko izobrazbo druge bolonjske stopnje ali njej enakovredno raven izobrazbe, višjo raven znanja tujega jezika in najmanj pet let vodstvenih delovnih izkušenj. Direktorja imenuje vlada za obdobje štirih let.
Strokovni svet Kobilarne Lipica (v nadaljnjem besedilu: strokovni svet) ima pet članov, in sicer štiri zunanje strokovnjake s področja dejavnosti Kobilarne Lipica in enega predstavnika zaposlenih v Kobilarni Lipica. Člane strokovnega sveta za obdobje štirih let imenuje vlada. Po enega zunanjega strokovnjaka predlagajo Zavod za varstvo kulturne dediščine, Zavod za varstvo narave ter Biotehniška fakulteta in Veterinarska fakulteta Univerze v Ljubljani. Predstavnika zaposlenih predlaga svet delavcev Kobilarne Lipica.
Strokovni svet Kobilarne Lipica opravlja zlasti naslednje naloge:
Strokovni svet o svojem delu poroča svetu in direktorju.
Med morebitno stavko morajo delavci Kobilarne Lipica zagotoviti celovito oskrbo konj.