Funkcija direktorja fundacije je poklicna in lahko traja največ dva zaporedna mandata. Mandat direktorja fundacije je pet let.
Direktorja fundacije imenuje svet fundacije na redni seji na podlagi opravljenega javnega razpisa. Če javni razpis ni bil uspešen, se ponovi. Če je za direktorja prijavljenih več kandidatov in v prvem glasovanju nobeden ne dobi potrebne večine glasov, se ponovno glasuje o dveh kandidatih, ki sta v prvem krogu glasovanja dobila največ glasov. Člani sveta imenujejo direktorja z večino glasov vseh članov sveta. Če nobeden od kandidatov po dveh glasovanjih ne dobi večine glasov vseh članov sveta, se razpis za imenovanje direktorja ponovi.
K imenovanju direktorja daje soglasje Vlada Republike Slovenije.