O uporabi presežka prihodkov nad odhodki in o pokrivanju presežka odhodkov nad prihodki odloča svet agencije na predlog direktorja in v soglasju z Vlado Republike Slovenije.
Presežek prihodkov nad odhodki agencija uporabi za:
1.
vplačilo v proračun Republike Slovenije,
2.
opravljanje in razvoj dejavnosti,
3.
za plačilo delovne uspešnosti zaposlenih v agenciji v skladu z zakonom.