O sprejemu študentov v Dom podiplomcev odloča Komisija za sprejem v Dom podiplomcev.
Komisija za sprejem v Dom podiplomcev je sestavljena iz petih članov, in sicer iz dveh predstavnikov Ministrstva za šolstvo, znanost in šport, enega predstavnika visokošolskih zavodov, enega predstavnika raziskovalnih organizacij in enega predstavnika stanovalcev Doma podiplomcev. Predsednika in člane komisije za sprejem v Dom podiplomcev imenuje svet zavoda, in sicer za vsak javni razpis za sprejem študentov v Dom podiplomcev posebej.
O pritožbah zoper odločitve Komisije za sprejem odloča Ministrstvo za šolstvo, znanost in šport.