Ocena tveganja se izdela v dveh delih:
-
v prvem delu se določijo potencialno škodljive lastnosti GSO in oceni nevarnost škodljivih učinkov na zdravje ljudi, živali in rastlin ter okolje, pri čemer se upoštevajo tudi druge biološke lastnosti GSO, ki lahko stopnjo nevarnosti škodljivih učinkov zvečajo ali zmanjšajo,
-
v drugem delu pa se glede na naravo nameravanega dela z GSO in značilnosti okolja oceni verjetnost pojava škodljivih učinkov na zdravje ljudi in okolje kot posledice izpostavljenosti GSO, pri čemer se upoštevajo tudi trajanje takšne izpostavljenosti in ukrepi za njeno preprečevanje.