Osnovna struktura modulov 2, 3, 4 in 5 je opisana v prilogi III tega pravilnika.
Predlagatelj mora za pridobitev dovoljenja za promet z zdravilom, za katerega je bila v EU predložena dokumentacija v obliki CTD, tako dokumentacijo predložiti tudi v Republiki Sloveniji.
Dokumentacija v obliki CTD je obvezna za pridobitev dovoljenja za promet z zdravilom, za katerega bo Republika Slovenija izbrana kot referenčna država, obvezna pa je tudi za pridobitev dovoljenja za promet z zdravilom po nacionalnem postopku. Tudi za pridobitev dovoljenja za promet z zdravilom, za katero je bil predlog v državah EU vložen pred 1. novembrom 2003, mora biti od 1. maja 2005 v Republiki Sloveniji vložena vloga v obliki CTD.