Nosilec živilske dejavnosti mora v okviru notranjega nadzora beležiti in shranjevati zapise in dokumente o izvajanju spremljajočih programov ter dokumente in zapise, ki nastajajo v vseh fazah priprave, planiranja, vzpostavljanja, delovanja, preverjanja in morebitnega spreminjanja HACCP sistema (npr. dokumenti o izvedeni analizi dejavnikov tveganj v živilih, o določitvi KKT in kritičnih mejnih vrednosti ter zapisov monitoringa na KKT, o izvedenih korektivnih ukrepih in spremembah HACCP sistema, kadar je to potrebno itd.).
Nosilec živilske dejavnosti mora imeti pri izvajanju notranjega nadzora za primer suma ali potrjene neskladnosti z zahtevami zdravstvene ustreznosti izdelan načrt umika živila iz proizvodnje oziroma prometa.