Za posamezne sektorje živilske dejavnosti se lahko oblikujejo smernice za dobro higiensko prakso, ki se uporabljajo v okviru sorodnih oziroma istovrstnih dejavnosti.
Za posamezne skupine živil se lahko oblikujejo smernice za mikrobiološko varnost živil, ki so lahko sestavni del smernic za dobro higiensko prakso iz prejšnjega odstavka, ali kot samostojne smernice.
Smernice za dobro higiensko prakso in smernice za mikrobiološko varnost živil pripravijo sektorji živilske dejavnosti ali njihova združenja oziroma drugi zainteresirani, po posvetu z Zdravstvenim inšpektoratom Republike Slovenije.
Pri pripravi smernic iz prejšnjega odstavka se lahko upoštevajo priporočene mednarodne smernice dobre higienske prakse in načela higiene živil Codex Alimentariusa.