RRA, ki izpolnjuje pogoje 4. in 5. člena, se financira iz sredstev ustanoviteljev, sredstev državnega proračuna za izvajanje nalog iz 3. člena tega pravilnika in sredstev za izvajanje projektov v okviru programov državnih razvojnih spodbud, mednarodnih pomoči ter ostalih sredstev zainteresiranih naročnikov.
RRA lahko pridobiva sredstva iz državnega proračuna s predložitvijo štiriletnega okvirnega programa dela in letnega podrobnega finančnega načrta.
Pri tem se smiselno uporabljajo merila in kriteriji iz uredbe o podrobnejših pogojih in merilih za dodeljevanje spodbud, pomembnih za skladni regionalni razvoj in o oblikah teh spodbud ter ostali predpisi s področja izvajanja državnega proračuna.