RRA se pri svojem delu povezuje z Agencijo Republike Slovenije za regionalni razvoj, z drugimi regionalnimi razvojnimi agencijami, z Skladom za regionalni razvoj in ohranjanje poseljenosti slovenskega podeželja, Agencijo za kmetijske trge in razvoj podeželja, Pospeševalnim centrom za razvoj malega gospodarstva, zbornicami in socialnimi partnerji ter z ostalimi razvojnimi in finančnimi organizacijami, ki delujejo v regiji.
Informacijski sistem RRA je vključen v informacijski sistem Agencije Republike Slovenije za regionalni razvoj.