Pristojni organ za izvajanje Uredbe 1925/2006/ES in te uredbe je Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, v delu, v katerem se nanašta na žvila za posebne prehranske ali zdravstvene namene in žvila ali hrano v gostinski dejavnosti, institucionalnih obratih prehrane in obratih za prehrano na delu, pa Ministrstvo za zdravje.
Uradni nadzor nad izvajanjem Uredbe 1925/2006/ES in te uredbe izvaja Inšpektorat Republike Slovenije za kmetijstvo, gozdarstvo in hrano, v delu, ki se nanaša na živila živalskega izvora, Veterinarska uprava Republike Slovenije in v delu, ki se nanaša na živila za posebne prehranske ali zdravstvene namene in na živila ali hrano v gostinski dejavnosti, institucionalnih obratih prehrane in obratih za prehrano na delu, Zdravstveni inšpektorat Republike Slovenije.