Komisija najpozneje v 45 dneh od prejema popolne vloge pripravi oceno o izpolnjevanju pogojev za pridobitev naziva klinika, klinični inštitut ali klinični oddelek in jo posreduje ministrstvu. Ministrstvo na podlagi prejete ocene zaprosi Medicinsko fakulteto za potrditev predloga za podelitev naziva.
Komisija ali ministrstvo lahko za pomoč pri vrednotenju in izdelavi ocene zaprosi vrhunske slovenske strokovnjake različnih specialnosti, različna strokovna telesa, institucije in razširjene strokovne kolegije.