Višina financiranja iz državnega proračuna se določi na podlagi letnega programa dela in finančnega načrta. Pri tem se upošteva tudi predvidena višina sredstev iz plačil za storitve in iz drugih virov.
Višina in namen sredstev iz državnega proračuna se določita z letno pogodbo, ki jo skleneta ministrstvo, pristojno za notranji trg, in Slovenska akreditacija. Slovenska akreditacija predloži finančni načrt in program dela za naslednje leto ministrstvu, pristojnemu za notranji trg, najpozneje v 60 dneh po prejemu izhodišč za pripravo finančnega načrta posrednega uporabnika proračuna s strani ministrstva, pristojnega za notranji trg.
Po sprejemu državnega proračuna se program dela po potrebi prilagodi obsegu financiranja za tisto leto.