Ministrstvi skleneta z izvajalcem programa usposabljanja ter podizvajalcem (v nadaljnjem besedilu: izvajalec) pogodbo o financiranju usposabljanja mladega raziskovalca, v kateri pogodbeni stranki določita medsebojne pravice in obveznosti. S pogodbo se lahko določi, da delodajalec krije določene stroške pri usposabljanju mladega raziskovalca. Predlagatelj lahko v okviru danih možnosti in izpolnjevanju vseh pogojev izbere datum začetka financiranja.
Izvajalec mora vrniti podpisano pogodbo najkasneje v 15 dneh od prejema le-te. Pogodbi je dolžan priložiti pogodbo o zaposlitvi mladega raziskovalca in potrdilo o vpisu na podiplomski študij. Slednje ne velja za mlade raziskovalce z opravljenim magisterijem.