Predlagatelj ima v 8 dneh od prejema sklepa, pravico vložiti pritožbo. Pritožnik mora natančno opredeliti razloge, zaradi katerih je pritožba vložena. Predmet pritožbe ne morejo biti postavljena merila za ocenjevanje prijav.
O pritožbah odločita ministra s sklepom, na predlog strokovne službe, v roku 15 dni od dneva prejema pritožbe. Odločitev je dokončna.
Vložena pritožba ne zadrži podpisa pogodb z izbranimi predlagatelji.