S 1. 7. 2003 preneha delovati Agencija za regionalni razvoj kot organ v sestavi ministrstva za gospodarstvo.
S 1. 7. 2003 se s tem zakonom ustanovi Javna agencija Republike Slovenije za regionalni razvoj (v besedilu zakona: javna agencija za regionalni razvoj), ki deluje kot javna agencija po zakonu o javnih agencijah (Uradni list RS, št. 52/2002). Podrobnejše pogoje za delovanje javne agencije določi Vlada Republike Slovenije.
Javna agencija za regionalni razvoj iz prejšnjega odstavka tega zakona prevzame s 1. 7. 2003 od Agencije za regionalni razvoj kot organa v sestavi ministrstva za gospodarstvo vse zaposlene ter materialna in finančna sredstva, vključno z obstoječimi obveznostmi ter nadaljuje s postopki dodeljevanja regionalnih razvojnih spodbud.
S 1. 7. 2003 se neporabljene pravice porabe ter prevzete obveznosti na proračunskih postavkah za izvajanje politike skladnega regionalnega razvoja in delovanje Agencije za regionalni razvoj pri ministrstvu za gospodarstvo prenesejo na Službo Vlade Republike Slovenije za strukturno politiko in regionalni razvoj, pri kateri se v ta namen odprejo ustrezne proračunske postavke. S 1. 7. 2003 skleneta javna agencija za regionalni razvoj in Služba Vlade Republike Slovenije za strukturno politiko in regionalni razvoj pogodbo o zagotavljanju sredstev za delovanje agencije in izvajanje programov na področju regionalnega razvoja. Pogodba se sklene za program, ki je določen v rebalansu državnega proračuna 2003.