V okviru monitoringa iz 11. člena tega pravilnika, se od primera do primera, izvaja dodatni monitoring za snovi in mikroorganizme, za katere ni določena mejna vrednost parametra iz priloge I, če obstaja utemeljen sum, da so lahko prisotne v koncentracijah ali številu, ki predstavlja potencialno nevarnost za zdravje ljudi. Sum oceni IVZ.
Za vsak posamezni sistem je v program monitoringa potrebno najmanj na vsakih 5 let vključiti tudi identifikacijo organskih spojin z ustrezno metodo preskušanja.