Ministrstvo preveri skladnost prejetih obračunov subvencije in zahtevkov za nadomestilo stroškov izvajanja subvencionirane študentske prehrane.
Če se pri preverjanju ugotovi neskladnost med prejetimi obračuni subvencije in zahtevki za nadomestilo stroškov, ministrstvo o tem obvesti izvajalca in opravi poračun ob naslednjem zahtevku.
Ministrstvo nakaže obračunano subvencijo izvajalcu v roku 60 dni od prejema popolnega obračuna.
V enakem roku poravna ministrstvo izvajalcu tudi zahtevek za nadomestilo stroškov pri izvajanju subvencionirane študentske prehrane.