Nadzor nad izvajanjem subvencionirane študentske prehrane izvaja ministrstvo, ki za posamezna dejanja nadzora lahko pooblasti drugo fizično ali pravno osebo.
Nadzor obsega kontrolo izvajanja določb zakona, izvajanja določb tega navodila pri ponudnikih in skladnost ponudbe s ponudbo, izbrano na javnem razpisu, kakor tudi kontrolo izvajanja določb drugih predpisov, zlasti pa zakonitost, namembnost in racionalnost razpolaganja s proračunskimi sredstvi.