Ta zakon začne veljati naslednji dan po objavi v Uradnem listu Republike Slovenije, uporabljati pa se začne 1. januarja 2013.
Glede vprašanj, ki jih ureja ta zakon, se do začetka njegove uporabe uporabljajo določbe Zakona o kmetijstvu (Uradni list RS, št. 45/08 in 57/12), Zakona o vinu (Uradni list RS, št. 105/06 in 72/11); Zakona o živinoreji (Uradni list RS, št. 18/02, 110/02 – ZUreP-1, 110/02 – ZGO-1 in 45/04 – ZdZPKG); Zakona o veterinarstvu (Uradni list RS, št. 33/01, 110/02 – ZGO-1, 45/04 – ZdZPKG, 62/04 – odločba US in 93/05 – ZVMS); Zakona o veterinarskih merilih skladnosti (Uradni list RS, št. 93/05); Zakona o krmi (Uradni list RS, št. 127/06); Zakona o semenskem materialu kmetijskih rastlin (Uradni list RS, št. 25/05 – uradno prečiščeno besedilo, 41/09 in 32/12); Zakona o varstvu novih sort rastlin (Uradni list RS, št. 113/06 – uradno prečiščeno besedilo); Zakona o mineralnih gnojilih (Uradni list RS, št. 29/06); Zakona o ravnanju z gensko spremenjenimi organizmi (Uradni list RS, št. 23/05 – uradno prečiščeno besedilo in 21/10).