Svet Zavoda ima predsednika in njegovega namestnika.
Mandat predsednika in njegovega namestnika traja štiri leta.
Predsednika Sveta Zavoda in njegovega namestnika izvoli Svet Zavoda iz vrst svojih članov na podlagi prejetih kandidacijskih predlogov, ki jih lahko podajo člani Sveta Zavoda.
Svet Zavoda najprej izvoli predsednika in nato namestnika predsednika, ki pa ne moreta biti iz vrst iste interesne skupine.
Podrobnejši način in postopek izvolitve predsednika Sveta Zavoda ter njegovega namestnika določa poslovnik o delu Sveta Zavoda.