Ministrstvo preveri skladnost prejetih obračunov subvencije in zahtevkov za nadomestilo stroškov izvajanja subvencionirane študentske prehrane.
Če pri preverjanju ugotovi neskladnost med prejetimi obračuni subvencije in zahtevki za nadomestilo stroškov, ministrstvo o tem nemudoma pisno obvesti izvajalca. Izvajalec napako popravi in ob naslednjem zahtevku ministrstvo opravi poračun.
Ministrstvo nakaže obračunano in s strani skrbnika pogodbe odobreno subvencijo izvajalcu v skladu z določili veljavnega Zakona o izvrševanju proračuna Republike Slovenije.
Ministrstvo nakaže izvajalcu tudi s strani skrbnika pogodbe potrjen zahtevek za kritje stroškov izvajanja subvencionirane študentske prehrane v skladu z določili veljavnega Zakona o izvrševanju proračuna Republike Slovenije.