O pritožbah na odločbe o novi razdelitvi zemljišč odloča ministrstvo, pristojno za kmetijstvo. Odločbo na drugi stopnji je treba izdati najpozneje v šestih mesecih po prejemu pritožbe s spisi.
Reševanje pritožb in reševanje upravnih sporov v zvezi s komasacijskim postopkom se šteje za nujno.
Ob reševanju pritožb lahko organ druge stopnje s posebnim sklepom razdruži odločbo o novi razdelitvi zemljišč v dva ali več delov tako, da izloči v posebno obravnavanje tisti del komasacijskega območja, na katerega se nanašajo vložene pritožbe, za ostali del odločbe o novi razdelitvi zemljišč komasacijskega območja pa ugotovi njeno pravnomočnost.