Upravljanje, vzdrževanje in delovanje državnih namakalnih sistemov je državna javna služba.
Lastniki kmetijskih zemljišč na območju državnega namakalnega sistema, ki sklenejo pogodbo o namakanju v skladu s točko a) petega odstavka 91. člena tega zakona, so dolžni plačevati stroške iz prve, druge in tretje alinee tretjega odstavka tega člena v sorazmerju s površino kmetijskega zemljišča, opredeljeno v pogodbi o namakanju. Stroški iz četrte in pete alinee tretjega odstavka tega člena se obračunajo po dejanski porabi.
Stroški delovanja in vzdrževanja državnega namakalnega sistema vključujejo zlasti:
Sredstva za kritje stroškov iz prejšnjega odstavka lastnikom kmetijskih zemljišč na območju državnega namakalnega sistema, ki so podpisali pogodbo o namakanju iz drugega odstavka tega člena, zaračunava izvajalec državne javne službe.
Podlaga za določitev višine stroškov iz prve, druge in tretje alinee tretjega odstavka tega člena na hektar za delovanje in vzdrževanje državnega namakalnega sistema, so programi vzdrževanja državnih namakalnih sistemov, ki jih pripravi izvajalec državne javne službe. Predlog višine stroškov na hektar za delovanje in vzdrževanje državnih namakalnih sistemov, ki so predmet državne javne službe, mora izvajalec državne javne službe na ministrstvo, pristojno za kmetijstvo, posredovati do 1. novembra predhodnega leta. Višino stroškov na hektar delovanja in vzdrževanja državnih namakalnih sistemov na predlog izvajalca državne javne službe predpiše minister, pristojen za kmetijstvo.
Izvajalec državne javne službe lahko predpiše podrobnejše pogoje glede zaračunavanja stroškov iz tretjega odstavka tega člena. Nalogo iz tega odstavka opravlja izvajalec državne javne službe kot javno pooblastilo.
Sredstva za kritje stroškov vzdrževanja in delovanja državnih namakalnih sistemov so namenski prihodek državnega proračuna Republike Slovenije in se nakazujejo na podračun javnofinančnih prihodkov v skladu s predpisom, ki ureja podračune ter način plačevanja obveznih dajatev in drugih javnofinančnih prihodkov.
Na podlagi zbranih sredstev za kritje stroškov vzdrževanja in delovanja državnih namakalnih sistemov iz prejšnjega odstavka, ministrstvo, pristojno za kmetijstvo, in izvajalec državne javne službe skleneta pogodbo o financiranju vzdrževanja in delovanja državnih namakalnih sistemov. V pogodbi se natančneje določijo medsebojne pravice, obveznosti, roki in način plačila.
Izvajalec državne javne službe lahko za financiranje investicijskega vzdrževanja ali tehnološke posodobitve državnega namakalnega sistema pridobi tudi druga sredstva.
Če dajo lastniki kmetijska zemljišča v zakup, je zavezanec za plačilo stroškov po tem členu zakupnik.