Poleg pooblastil po drugih predpisih ima uprava po tem zakonu zlasti naslednje naloge in pooblastila:
1.
sodelovanje pri oblikovanju in izvajanje politike zdravstvenega varstva rastlin;
2.
sodelovanje pri pripravi predpisov in opravljanje upravnih nalog s področja zdravstvenega varstva rastlin in skrb za njihovo izvajanje;
3.
izvajanje stalnega nadzora škodljivih organizmov;
4.
analiziranje in ocenjevanje zdravstvenega stanja rastlin z namenom ugotovitve pojava in širjenja škodljivih organizmov v državi in tujini;
5.
izvajanje laboratorijskih preiskav rastlin, rastlinskih proizvodov in nadzorovanih predmetov zaradi diagnostike škodljivih organizmov s seznamov I.A, II.A, I.B in II.B;
6.
priprava ocen tveganja v primeru nevarnosti pojava ali ugotovitve novih škodljivih organizmov ali rastlin s škodljivim vplivom na gospodarstvo, okolje ali družbo, izdaja strokovnih navodil in ukrepov,
7.
izdelava strokovnih podlag pri določitvi okuženih območij, ogroženih območij, posebej nadzorovanih območij in varovanih območij;
8.
vzpostavitev in vodenje registra, evidenc in seznamov;
9.
sprejemanje programov v zvezi z ukrepi za preprečevanje vnosa in širjenja škodljivih organizmov ter skrb za izvajanje programov;
10.
izvajanje ukrepov za preprečevanje, zatiranje in izkoreninjanje škodljivih organizmov;
11.
zagotavljanje fitosanitarnih ukrepov;
12.
strokovni nadzor nad izvajanjem nalog javne službe v skladu s tem zakonom;
13.
poročanje o pojavih, izbruhih in širjenju škodljivih organizmov v državi in tujini;
14.
priprava poročil, analiz, informacij in drugih gradiv za organe in mednarodne organizacije, ki jim je Republika Slovenija dolžna poročati v skladu s predpisi in na podlagi mednarodnih pogodb;
15.
obveščanje držav izvoznic o zadržanih pošiljkah zaradi neizpolnjevanja fitosanitarnih zahtev;
16.
sodelovanje pri pripravi mednarodnih sporazumov, ki jih sklepa Vlada na področju zdravstvenega varstva rastlin in skrb za njihovo izvajanje;
17.
skrb za obveščanje javnosti in zainteresiranih o zadevah s področja varstva rastlin in izdajanje publikacij;
18.
skrb za izvajanje poenotenih postopkov dela v skladu s predpisi in mednarodnimi zahtevami;
19.
vzpostavitev in vodenje informacijskega sistema na področju zdravstvenega varstva rastlin;
20.
zagotovitev strokovnega usposabljanja delavcev uprave;
21.
sodelovanje z drugimi organi in organizacijami v državi in tujini na delovnem področju;
22.
zastopanje Republike Slovenije v mednarodnih organih in organizacijah na področju zdravstvenega varstva rastlin;
23.
izdajanje rastlinskih potnih listov;
24.
opravljanje fitosanitarnih pregledov;
25.
zagotavljanje sistema izdaje fitosanitarnih spričeval;
26.
izdajanje navodil za izvrševanje nalog iz 2.a člena tega zakona za odgovorne uradne organe iz drugega odstavka 2.b člena tega zakona;
27.
opravljanje drugih nalog, povezanih z zdravstvenim varstvom rastlin.