O pritožbi odloča minister, pristojen za šolstvo, na podlagi strokovnega mnenja komisije druge stopnje.
Strokovno mnenje komisije druge stopnje za izdajo odločbe o pritožbi ni potrebno, če je pritožba vložena zaradi napačno uporabljenega materialnega predpisa ali če tak predpis sploh ni bil uporabljen ali če je pritožba vložena zaradi kršitev pravil postopka. Če je bila izdana odločba prve stopnje na podlagi revidiranega mnenja komisije druge stopnje, izdela strokovno mnenje komisija druge stopnje v drugi sestavi od tiste, ki je revidirala mnenje komisije prve stopnje.