Fundacijo upravlja svet fundacije.
Svet Fundacije za financiranje invalidskih in humanitarnih organizacij v Republiki Sloveniji ima 23 članov, in sicer:
Svet Fundacije za financiranje športnih organizacij v Republiki Sloveniji ima 17 članov, in sicer:
Izbor štirinajstih predlogov članov Sveta Fundacije za financiranje športnih organizacij v Republiki Sloveniji v skladu z določili tretje alineje 1. točke prejšnjega odstavka, ki jih nato v imenovanje Državnemu zboru Republike Slovenije predlaga Strokovni svet Vlade Republike Slovenije za šport, poteka po postopku, ki ga določi Vlada Republike Slovenije z uredbo.
Prvo imenovanje članov sveta fundacij se opravi hkrati s sprejemom akta o ustanovitvi fundacij.
Svet fundacije izvoli predsednika izmed svojih članov.