Postopek odločanja o vlogah za razporeditev sredstev fundacij se ureja s tem zakonom in pravilnikom iz drugega odstavka 11. člena tega zakona. Če navedena predpisa posameznega vprašanja postopka ne urejata, se smiselno uporabljajo določbe zakona, ki ureja splošni upravni postopek.
Zoper odločitev sveta fundacije, s katero je odločeno o vlogi na javni razpis za razdelitev sredstev fundacije, je dovoljena pritožba v roku 15 dni.
Organ Fundacije za financiranje invalidskih in humanitarnih organizacij v Republiki Sloveniji, pristojen za odločanje o pritožbi, se določi s pravili Fundacije za financiranje invalidskih in humanitarnih organizacij v Republiki Sloveniji. Odločitev pristojnega organa Fundacije za financiranje invalidskih in humanitarnih organizacij v Republiki Sloveniji za pritožbe je dokončna.
Organ Fundacije za financiranje športnih organizacij v Republiki Sloveniji, pristojen za odločanje o pritožbi, je Komisija za pritožbe. Komisija za pritožbe ima tri člane, ki jih imenuje in razrešuje Svet Fundacije za financiranje športnih organizacij v Republiki Sloveniji, in sicer enega na predlog ministrstva, pristojnega za šport, enega na predlog Olimpijskega komiteja Slovenije – Združenja športnih zvez in enega na predlog Strokovnega sveta Vlade Republike Slovenije za šport. Mandat člana Komisije za pritožbe preneha s sklepom Sveta fundacije o razrešitvi ali s potekom mandata Sveta, ki ga je imenoval.
Komisija za pritožbe lahko pritožbo zavrne, s čimer je odločitev dokončna, ali pa odločitev Sveta Fundacije za financiranje športnih organizacij v Republiki Sloveniji v celoti ali deloma odpravi ter zadevo vrne Svetu Fundacije za financiranje športnih organizacij v Republiki Sloveniji v ponovno odločanje. Ponovna odločitev Sveta Fundacije za financiranje športnih organizacij v Republiki Sloveniji je dokončna.
Ne glede na določbo prvega odstavka tega člena, mora biti vsaka odločitev fundacije, s katero se odloči o vlogi za razporeditev sredstev fundacije, izdana pisno, vsebovati pa mora pravno podlago za izdajo, izrek, obrazložitev ter pravni pouk.