Označbo morskega čolna sestavljata dve črki iz imena pristanišča, v kateri je sedež uprave oziroma njene izpostave, pri kateri je čoln vpisan in številka, ki označuje zaporedno številko, pod katero je čoln vpisan v vpisnik morskih čolnov.
V označbi morskih čolnov vseh namembnosti je številka za črkama, razen pri ribiškem čolnu, kjer je zaporedje obratno.
Črke iz označbe morskega čolna v Republiki Sloveniji so: