V primeru, da čoln ne izpolnjuje več pogojev za vpis, uprava, njena izpostava oziroma upravna enota po uradni dolžnosti uvede postopek za izbris čolna. Če čoln ne izpolnjuje pogojev za vpis, ker lastnik čolna ni zavarovan proti odgovornosti za škodo povzročeno tretjim osebam, se po uradni dolžnosti prekliče veljavnost dovoljenja za plovbo.
V primeru, da dovoljenju za plovbo preneha veljavnost in to ni podaljšano v roku šestih mesecev, uprava, njena izpostava oziroma upravna enota po uradni dolžnosti uvede postopek za izbris čolna.
O izbrisu čolna iz evidence vpisov čolnov izda uprava, njena izpostava oziroma upravna enota odločbo. Številka in datum odločbe o izbrisu čolna se vpiše v evidenco vpisov čolnov.