Organ upravljanja sklada je svet sklada, ki ima predsednika in šest članov. Predsednik in člani sveta sklada ne morejo biti osebe, za katere obstaja možnost konflikta med njihovimi zasebnimi interesi in javnimi interesi, ki jih zasleduje sklad. Za možnost konflikta iz prejšnjega stavka se šteje, če je član oziroma predsednik sveta sklada zakupnik ali najemnik zemljišč v gospodarjenju sklada.
Člane sveta sklada na predlog ministra, pristojnega za kmetijstvo, imenuje Vlada Republike Slovenije izmed predstavnikov Vlade Republike Slovenije, ministrstev, vladnih služb ali strokovnjakov s področja dejavnosti sklada, od katerih so štirje člani predstavniki ministrstva, pristojnega za kmetijstvo in gozdarstvo. Predsednika sveta sklada imenuje Vlada Republike Slovenije izmed članov sveta, ki so predstavniki ministrstva, pristojnega za kmetijstvo.
Svet sklada opravlja zlasti naslednje naloge: