Naloge pristojnega organa za zdravila in medicinske pripomočke v humani medicini opravlja do ustanovitve Agencije za zdravila in medicinske pripomočke Urad Republike Slovenije za zdravila. Naloge pristojnega organa za zdravila in medicinske pripomočke za uporabo v veterinarski medicini opravlja do ustanovitve Agencije za zdravila in medicinske pripomočke Veterinarska uprava Republike Slovenije.
Agencijo za zdravila in medicinske pripomočke ustanovi Vlada Republike Slovenije v dveh letih od uveljavitve tega zakona.
Nalogo uradnega kontrolnega laboratorija za analizno preskušanje zdravil za uporabo v humani medicini opravlja do ustanovitve Agencije za zdravila in medicinske pripomočke Zavod za farmacijo in za preizkušanje zdravil – Ljubljana, kot javni zavod.
Nalogo nadzora nad izvajanjem tega zakona opravlja do ustanovitve Agencije za zdravila in medicinske pripomočke Zdravstveni inšpektorat Republike Slovenije, razen nadzora nad prometom z zdravili za uporabo v veterinarski medicini, kar opravlja Veterinarska uprava Republike Slovenije.