Organ upravljanja zavoda je Upravni odbor.
Upravni odbor zavoda ima sedem članov, od katerih:
-
tri člane imenuje ustanovitelj, in sicer enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za raziskovalno dejavnost, enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za okolje in prostor, in enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za rudarstvo;
-
tri člane imenuje Znanstveni svet zavoda iz vrst uporabnikov zavoda, ki imajo dolgoročen interes pri povezovanju raziskovalnih dejavnosti zavoda, oziroma zainteresirane javnosti. Imenovani člani s strani uporabnikov ne smejo prihajati iz iste institucije;
-
enega člana izvolijo zaposleni delavci zavoda izmed sebe.
Predsednika Upravnega odbora izvolijo člani Upravnega odbora izmed sebe.
Način imenovanja članov iz vrst uporabnikov dejavnosti zavoda, ki imajo dolgoročen interes pri povezovanju raziskovalnih dejavnosti zavoda, oziroma zainteresirane javnosti in izmed zaposlenih delavcev na zavodu se podrobneje določi v statutu.