Generalni sekretar ima glede vodenja dela urada in delovnih razmerij pravice in dolžnosti predstojnika republiškega upravnega organa v skladu z zakonom, razen če z zakonom o varuhu človekovih pravic ali akti varuha ta pristojnost ni izrecno določena varuhu človekovih pravic.
Generalni sekretar je odredbodajalec za uporabo sredstev za delo urada varuha.
Generalni sekretar je za svoje delo odgovoren varuhu.
eneralnega sekretarja v njegovi odsotnosti nadomešča direktor strokovne službe ali drug delavec, ki ga določi varuh.