Komisija mora pri ugotavljanju razlogov za opustitev cepljenja proučiti predlog za opustitev cepljenja. Če oceni za potrebno, zahteva dodatno dokumentacijo oziroma dodatne zdravstvene preglede.
Zahtevo za razgovor pred komisijo lahko poda oseba oziroma njeni starši, skrbniki ali zakoniti zastopniki. Če se vlagatelj zahteve ne udeleži razgovora, na katerega je bil povabljen v skladu z zakonom, se šteje, da se je zahtevi odpovedal in se postopek lahko nadaljuje.
Po opravljenem postopku iz prvega in drugega odstavka tega člena komisija da strokovno mnenje o tem, ali obstajajo ali ne obstajajo razlogi za opustitev cepljenja, in ga pošlje ministru, pristojnemu za zdravje, najpozneje 90 dni od prejema predloga za opustitev cepljenja.
Strokovno mnenje iz prejšnjega odstavka mora vsebovati:
Strokovno mnenje iz prejšnjega odstavka lahko vsebuje tudi druge predloge v zvezi s cepljenjem.